Keď v roku 1663 Turci obsadili Nové Zámky, nariadil cisár Leopold vybudovať nový obranný systém, podľa ktorého mali byť popri Váhu vybudované vojenské pevnosti. V roku 1665 nariadil, aby bola v Šali postavená vojenská pevnosť. Trnavskému rektorovi, Ladislavovi Vidovi prisľúbil, že jeho majetky neutrpia ujmu, že menšie regálne práva bude môcť využívať rovnako ako pred začatím výstavby. Pevnosť vybudovali pod vedením generála Ludviga Souchesa pre uhorských a nemeckých vojakov. V roku 1665 sa prvým kapitánom pevnosti stal Gašpar Alexander Blaunizay. Po dokončení výstavby pevnosti sa trnavský rektor, Ladislav Vid usiloval, aby už spomínané dodržiavanie výsad bolo potvrdené aj písomne. V septembri 1665 odovzdal v odpise Gašparovi Alexandrovi pravidlá o spolunažívaní. V zmysle týchto pravidiel mali právo výčapu v starej Šali aj v pevnosti len ľudia poverení zemepánom. Pokiaľ velitelia nemeckých vojakov nakupovali víno inde, museli predložiť presný doklad o nakúpenom víne, ktorý sa dal overiť. Okrem práva výčapu vznikli spory aj okolo práva výseku mäsa, keďže aj toto patrilo medzi práva zemepána. Problémy spôsobovala i skutočnosť, že obyvateľov mestečka a okolitých dedín nútili vojaci vykonávať rozličné práce bez súhlasu zemepána. Pri stavbe pevnosti boli povinní pomáhať aj obyvatelia Bratislavskej a Nitrianskej stolice. Vzťahovalo sa to aj na mestá. Pevnosť sa stavala od mesta "na dostrel dela", pri pobreží Váhu, z palánky, čiže najmä z dreva a zeminy. Pri stavbe sa použili aj tehly a drevo z ohrady šalianskeho cintorína, z jednej starej kaplnky (ktorá sa nachádzala na konci cintorína), zo zničeného večianskeho kostola a stavebný materiál z okolitých dedín. Ako možno vidieť na zachovanom nákrese, pevnosť bola chránená vodnou priekopou. Do priekopy privádzali vodu z Váhu. V pevnosti boli vybudované dočasné ubytovacie miesta, tzv. baraky pre vojakov. Pevnosť sa skladala z dvoch častí, v jednej boli uhorskí a v druhej nemeckí vojaci. Jazdci aj pechota dostali v pevnosti rovnocenné miesta. Vojaci pásli svoje kone - aj napriek tomu, že panovník pri výstavbe pevnosti zaručil zemepánovi, že na svojom majetku neutrpí ujmu - podľa svojich predstáv, bez povolenia zemepána. Napáchali viacero násilností voči okolitému obyvateľstvu. Bolo všeobecne známe, že vyplácanie vojakov spôsobovalo značné problémy. Na stoličné zasadnutia, hlavne na zasadnutia Bratislavskej stolice, prichádzali od zemepánov okolitých dedín početné sťažnosti. Spomedzi vojakov šalianskej pevnosti bolo nariadené vyšetrovanie voči Jánovi Benkőovi, Jánovi Mikusovi a Jánovi Mészárosovi, pretože v roku 1679 sa dopustili násilností na panstve ostrihomského arcibiskupa. Ján Szabó zase odviedol z Rohoviec dva kone. Takéto a podobné prípady sa stávali často. Pevnosť však chránila obyvateľstvo len z časti, pretože Turci často vyberali od obyvateľstva aj naďalej dane.
Pevnosť vo svojej pôvodnej podobe nezotrvala dlho, pretože pevnosť postavená z dreva a hliny nemohla odolať vode, ktorá sa vyliala z koryta Váhu. Udialo sa to medzi rokmi 1673-1675. Novú vojenskú pevnosť nepostavili na pôvodnom mieste, ale vedľa mestečka tak, že jej súčasťou sa stala aj tá časť mestečka, v ktorej sa nachádzal kostol a kaštieľ. Táto časť bola ohradená hradbami a vznikol vodný hrad. Naľavo od kaštieľa sa nachádzal barak, ktorý pozostával z deviatich izieb a z troch kuchýň. Miestnosti mali okná, ale celá stavba mala len päť dverí a tri komíny. Vedľa boli tri stajne. Napravo od kaštieľa sa nachádzal tiež barak s ôsmimi miestnosťami, šiestimi kuchyňami a dvoma vchodmi. Vedľa baraku bolo miesto na pečenie chleba s dvomi pecami, tri kuchyne a dve izby. Aj vedľa pekárne bola stajňa. Vedľa kaštieľa, za priekopou, bola pekáreň s dvomi pecami. Naľavo od kaštieľa bola ubytovňa veliteľov, ktorá mala štyri izby s dvoma komínmi. Patrili k nej štyri kuchyne, štyri komory a stajňa. Aj v kaštieli bola pekáreň. Múry kaštieľa boli spevnené, a kaštieľ bol chránený vodnou priekopou (voda bola privádzaná z Váhu). Pevnosť zahŕňala iba jednu časť mesta. Jeho druhá časť, kde nebolo možné domy ohradiť, zostala mimo pevnosti. Šaľa bola vtedy oslobodená od platenia akýchkoľvek daní.